Försäljningen av fastigheterna i Göran Gustafssons fastighetsbestånd bildade grunden för Göran Gustafssons donationer.
År 1986 upprättades Göran Gustafssons Stiftelse för Främjande av Vetenskaplig Forskning vid Uppsala Universitet och Tekniska Högskolan i Stockholm, med en donation på 136 miljoner kronor. Stiftelsen lämnar stöd till humanbiologisk forskning vid Uppsala universitet och forskning inom teknisk fysik vid KTH och Uppsala universitet.
Den gode miljonären löd tidningsrubrikerna när fastighetskungen Göran Gustafsson 1987 skänkte pengarna till teknisk och humanbiologisk forskning i Stockholm och Uppsala. Han var själv intresserad av teknisk fysik. Därför var det för honom självklart att Tekniska högskolan i Stockholm skulle gynnas, då han sålde en fastighet i Stockholm. När försäljningen av bland annat det gamla EPA-huset i Uppsala skedde ville han av rättviseskäl att Uppsala universitet skulle få disponera hälften av pengarna.
Han har i intervjuer sagt: Jag vill skapa förutsättningar för forskningen att utveckla metoder som förbättrar naturen och vår omgivning. Jag mår illa när jag tänker på den miljöförstöring som vi har bidragit till!
Ett par år senare, 1989, tillkom Göran Gustafssons Stiftelse för Naturvetenskaplig och Medicinsk Forskning, där donationen uppgick till 270 miljoner kronor. Stiftelsen har till huvudsakligt ändamål att främja grundforskning inom molekylär biologi, fysik, kemi, matematik och medicin.
Sedan 1991 delar stiftelsen varje år ut fem priser till aktiva forskare inom områdena matematik, fysik, kemi, molekylärbiologi och medicin. Pristagarna får vardera 6,3 miljoner kronor att användas till egen forskning i Sverige under tre år. Till detta kommer 300 000 kronor i personligt pris.
Ett villkor för att få priset är att man är högst 45 år och att forskningen sker i Sverige. Göran Gustafsson var mån om att toppforskare inte skulle behöva lämna landet i brist på forskningsanslag.
Priserna till denna stiftelse kan inte sökas. Nomineringar görs av rektorerna på landets universitet och högskolor. Utvärderingarna av pristagarna görs sedan av Kungliga Vetenskapsakademien, ofta med hjälp av internationell expertis. Därefter fattar stiftelsens styrelse beslut.
Prisen delas ut på Kungl. Vetenskapsakademiens årliga högtidssammankomst 31 mars.
Exakt vad som drev Göran Gustafssons donationer framgår inte av stiftelsestadgar och urkunder. Flera av barnen gissar dock att faderns tankar om att som individ bidra till samhället härstammar från Göran Gustafssons uppväxt. Den förmögenhet som skapades kan han ha uppfattat som alltför stor för individen att hantera. Orsaken till att det blev naturvetenskaplig forskning kan ha påverkats av att han själv inte fick studera vidare som ung.
I en intervju år 1993 lämnade han själv en liten hint om om varför han avyttrade sitt fastighetsbestånd och donerade över 400 miljoner kronor till stiftelser, där avkastningen går till att belöna framstående forskare:
Pengarna har varit mina verktyg. När hantverkaren går i pension lämnar han verktygen till dem som bäst kan ta över. Ett tack till det samhälle som givit mig chansen!
Göran Gustafssons insatser har inte förblivit obelönade – redan 1987 fick han Uppsala universitets Gustaf Adolfsmedalj. Samma år gjordes han till teknologie hedersdoktor vid KTH. När kung Carl XVI Gustaf och tre andra vänner av Uppsala universitet tilldelades titeln hedersmedlem av Uppsala universitet år 1990, var Göran Gustafsson en av de tre.